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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > 网格临床药理学表明草酸钙肾结石防氧化应激性和宫颈炎症损害原则

网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿软件里通常的患病之三。肾策划 中CaOx晶状体过饱和状态积累会造成 肾小管细胞核挫裂伤和凋亡,所以造成 肾结石的建立。短链乳酸酸由消化道内好氧菌日常细菌食物发酵饮食人造纤维产生了,实际上在不规则消化道防御系統中利用效果,特别在软件技术上也利用重要效果。当中,丁酸是最多样化的短链乳酸酸,包括免疫系统能够抑制和免疫系统能够抑制效果,本论述论述丁酸对CaOx肾结石的效果以及自身靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医疗机构泌尿产科吴忠先生、周子健研究生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠院士、周子健研究生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱微生物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网络信息临床药理学贴心服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

原创文章名字:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 顾客的单位:华山医生 探究项目:大鼠、HK-2组织 分组名相关信息:较组(Con)、实体模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱提供数据方法:数据网络药理学学的检测

基本思路工艺流程表

实验数据

科学探索师先要倡导大鼠仿真模板工具,依据生理变化生化学因素和组织安排病检学复染等科学探索伎俩察觉丁酸应该避免CaOx仿真模板工具大鼠肾CaOx晶状体的组成和软组织拉伤,有效改善CaOx仿真模板工具大鼠的宫颈炎症软组织拉伤和腐蚀材质的过分表示。除此之外,丁酸还可遏制草酸帮助的HK-2内部软组织拉伤、腐蚀应激状态和内部凋亡。 为探究性丁酸设计和靶什么是表观遗传网洛,研究方案职工从PubChem更改丁酸和丁酸酯的二维和三维图设计(图1A)。借助PharmMapper信息统计库和Uniprot信息统计库来处理后共选择出117个丁酸靶什么是表观遗传供进一部了解。将什么是表观遗传表单加入STRING信息统计库,来PPI网洛了解。Cytoscape分享了重新排列的前20的核心靶什么是表观遗传的详解网洛图,还有CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。他们核心什么是表观遗传与网洛中的其他什么是表观遗传均表达出肯定的涉及到具体分析,这说明他们什么是表观遗传应该会充分利用着分工协使用途。GO和KEGG了解探求了丁酸核心什么是表观遗传的涉及到路经和菌物学性能(图1C)。核心什么是表观遗传首要与类固醇缴素初次初次应答、防防氧化应激状态状态初次初次应答、生物技术酶类氧细胞系对类固醇缴素的刺激的化学上的表现各类对弱酸性化学上的有机物的化学上的表现关干。由此可见阐明,他们核心什么是表观遗传首要参与性了防防氧化应激状态状态和对生物技术酶类氧的菌物化学上的表现的时候,是肾结石形成了策略中至关重点的路经,这显示丁酸应该会在肾结石中充分利用重点用途。

图1| 丁酸格局与靶基因组网络数据讲解(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进步实验丁酸对CaOx肾结石着实切靶人类遗传DNA,实验人使用GEO统计资料库对GSE73680中健康的较与CaOx肾结石自身的人类遗传DNA地域差异来了实验。较组与CaOx结石自身的正想关性地域差异描述人类遗传DNA(DEGs)检测细则为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共筛分到3783个人类遗传DNA形成正想关变幻,中间3379个(89.4%)人类遗传DNA描述调整,404个(10.6%)人类遗传DNA描述下跌(图2A)。对DEGs来聚类算法解析解析,热图出现了前10个被选中DEGs的二维分块聚类算法解析表现(图2B)。那么,实验人经过GeneCards统计资料库劳动力签定了370个应该与CaOx肾结石想关的人类遗传DNA,关键性词排名前20位的预测分析人类遗传DNA试述想关性计分如下图如图2C如图。为了能让寻到丁酸治愈CaOx肾结石的关键性靶点,实验人将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石想关人类遗传DNA加工获取了了个Venn图。进而,CYP2C9被确立为丁酸印象CaOx肾结石的隐藏靶点(图2D)。还有,实验人还来了丁酸与CYP2C9的分子式嫁接,CYP2C9的两个碳水化合物残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸间接功用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在利用网洛药学学分析预测CYP2C9是丁酸后果CaOx肾结石的靶DNA后,探讨拜谱生物还使用細胞试验核实了CYP2C9可拉低草酸促进的HK-2細胞的ROS水平面、发炎拉伤和凋亡。

图2| 大多数据库结合数据分析予测CYP2C9是丁酸效应于CaOx肾结石的靶表观遗传

科研结果显示

本研究方案1发展丁酸在身体之外和身体里均能治理和改善CaOx肾结石建模的腐蚀应激性性和疾病磨损,随即能够 无线网络数据药学学学挑选能够丁酸不良影响CaOx肾结石的内在靶点——CYP2C9,接下来能够 细胞系核实践核实CYP2C9在草酸盐诱导型的HK-2细胞系核ROS平行、疾病磨损和凋亡。那些发展反映出丁酸机会能够 治理和改善CYP2C9来治理和改善CaOx肾结石的腐蚀应激性性,缓减疾病磨损。这样的过程 中拜谱生物技术水平学具备了无线网络数据药学学学技巧精准服务保障,除此之外拜谱生物技术水平学可延长成长期完整的DNA组学、球氨基酸组学、消化吸收组学等几组学货品及技巧精准服务保障,欢迎语致电的方式谘询! 参考使用文献综述:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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